在《长江保护法》正式实施之际，3月1日，重庆市人民检察院和重庆市河长办公室签署《全面推行“河长+检察长”协作机制的意见》（以下简称《意见》），标志着重庆全面推行“河长+检察长”协作机制工作。双方将建立健全信息共享、线索双向移送、联合巡查等7项工作机制，充分发挥河长、检察长各自职能优势，形成行政执法与检察监督合力，促进全市河流管理保护工作从制度化实施向法制化保障转变。
《意见》明确，在建立协作机制后，河长在河流管理保护工作中发挥组织领导、统筹协调作用，各级检察长统筹检察机关充分发挥刑事检察、民事检察、行政检察、公益诉讼检察四大职能，有利于协同解决河流管理保护难题。
《意见》签署后，市检察院将在市河长办设立派驻检察联络室，各基层检察院将在同级河长办设立派驻检察联络室，做好线索移送、联合督导巡查以及河流管理保护领域行政执法与刑事司法高效衔接等方面工作，并针对重点区域、重点问题、跨界河流联防联控、成渝地区双城经济圈生态共建环境共保，提出开展专项行动或重点治理的建议，以此进一步促进检察监督职能和河长办统筹谋划落实职能作用的充分发挥，形成“聚合效应”，让长江生态保护修复持续向好。
双方还将建立人员交流机制。河长办可结合实际情况，邀请检察官担任重点治理河流或推进治理受阻河流的“生态检察官”；检察机关可邀请河长办相关人员担任专家咨询委员、人民监督员、检察官助理等，切实提升河流管理保护公益诉讼案件办案能力。
《意见》提出建立健全“河长+检察长”信息共享机制、线索双向移送机制、联合巡查机制、调查协作技术支持机制、生态环境损害赔偿与公益诉讼衔接机制、生态环境损害修复机制、工作监督追责机制等7项工作机制，以此搭建“河长+检察长”工作机制平台，提升河流共治共保水平。
《意见》要求各级河长办与同级检察机关每年应至少开展一次联合巡查，河长、检察官适时开展联合巡河，加强对所发现问题的系统分析，督促开展问题集中领域的源头治理工作。
《意见》对生态环境损害赔偿与公益诉讼衔接，以及完善生态损害修复机制也进行了明确规定。对于破坏河流生态环境、侵害社会公共利益的违法行为，河长制责任单位可邀请检察机关参与生态环境损害赔偿磋商，确有必要的，检察机关可支持生态环境损害赔偿权利人起诉。同时，推广开展“专业化法律监督+恢复性司法实践+社会化综合治理”，探索完善行政机关生态环境治理代履行追偿制度，加大生态环境损害修复力度。按照《意见》要求，重庆还将推进林业、养殖业生态修复司法示范基地建设，通过合理规划，在全市范围内建立一批生态修复司法示范基地，来深化警示教育，强化集中修复作用。
双方还将建立工作监督追责机制。检察机关和有关行政机关要建立健全责任追究机制，对河长制责任单位违法行使职权或者不作为，河长办在履行统筹协调、监督管理职责中发现其他行政单位存在违法行使职权或者不作为，河长未依法履职造成国家和社会公共利益受到侵害的，依法依规严肃处理。
