前面我们谈到，转基因食品改变的是食品的基因，不是改变人的基因，吃转基因食品和吃其他食品一样，是不会改变人的基因的。那么转基因食品是不是就完全不存在健康风险呢？
任何食品都有可能带来健康风险。没有人愚蠢到会认为转基因食品是例外。所以科学机构、科学家会经常发表报告、论文评估、研究转基因食品的风险。每一种转基因食品在上市之前，要对其安全性进行评估。
转基因食品里头的基因本身不会带来健康风险，但是基因是要生产蛋白质的，如果生产的是对人体有毒的蛋白质，当然会对人体健康造成伤害。但是科学家并不是恐怖分子，不会把有毒蛋白的基因给转入到食品当中的，即使真有“疯狂科学家”这么干，监管机构也不会批准其上市，所以这点是不用担心的。
转基因作物往往是过量地制造某种外源的蛋白质，即使这种蛋白质无毒的话，能不能导致过敏呢？这才是更值得关注的问题。如果一种蛋白质不会导致过敏，那么制造它的转基因食品也不会导致过敏。那些会使某些人过敏的蛋白质如果被转入到作物中，用它做食品就有导致过敏的可能性。研究人员在研究转基因作物的时候，已经充分考虑到这个问题。过敏症的患者90％以上是对牛奶、干果、蛋、海产品、小麦、豆类过敏，因此来自这些食物的基因不会被采用。
已知的过敏原大约有500多种。把转基因作物制造出来的新蛋白质的化学成分和结构与已知的过敏原一一做比较，如果发现具有一定的相似性，那么这种蛋白质基因也会被放弃。大部分的过敏原都难以消化，因此转基因产生的新蛋白质要检测是不是能够快速地被消化，如果不能，该转基因食物也不能供食用。在经过了严格的检测和管理之后，含有过敏原的转基因食品能够上市的可能性很小。如果不慎上市了，也可以补救，不会出现灾难。转基因食品在世界范围内被吃了20年了，到现在还没有发现有人吃了它过敏的。
所以，不能否认转基因食品是有风险的，但是风险并不等于实际的危险。转基因作物的风险是可以控制的。为了避免健康方面的风险，对人体有害的蛋白质和已知的过敏原不会被用于制造转基因作物。在转基因食品上市之前，都按要求做过实验检测它的安全性。一般是先做生化实验检测，看看转基因作物与同类作物相比，在成分方面出现了什么变化，这些变化是否有可能对人体产生危害，然后做动物试验，看看转基因食品是否会对动物的健康产生不利的影响。这其实是检测食品安全性的常规做法，不只是对转基因食品才如此。如果不信任这一常规方法，那么是不是也应该质疑其他食物的安全性？
有人说，“对转基因食品还是需要慎重”。这是一句正确的废话，因为对任何食品都需要慎重。这些人实际上是想说，必须证明转基因食品绝对无害，排除转基因食品有害的可能性，才算得上慎重。完全排除一种可能性，是几乎不可能的事。所谓“天然”食品同样不可能排除有害的可能性：很多所谓“天然”食品可能导致过敏，可能增加心血管疾病的风险，可能含有致癌物等等。我们所能做的，只是问：有没有合理的理由和确切的证据表明市场上的转基因食品要比同类非转基因食品更有害健康？答案是没有。
事实上，已上市的转基因食品不仅是安全的，而且往往要比同类非转基因食品更安全。种植抗虫害转基因作物能不用或少用农药，因而减少或消除了农药对食品的污染，而大家都知道，农药残余过高一直是现在食品安全的大问题。抗病害转基因作物能抵抗病菌的感染，从而减少了食物中病菌毒素的含量。转基因食品采用的技术更精确，受到的管理更严格，风险比同类非转基因食品更低。很多非转基因食品没有做过任何安全性检测就上市了，大家不去担心，对经过安全性检测才上市的转基因食品，为什么反而要害怕呢？
