尽管近几年植棉效益有所下降，棉田面积逐年减少，但杂交棉花的生产与种植，在一些集中产棉区仍然深受广大棉农的喜爱，他们非杂交棉种不购，非杂交棉花不种，有的农资经销商也是非杂交棉不卖。这是因为，在同等生态条件下，杂交棉花比常规棉花亩产籽棉要多25~50公斤，增产15%左右，效益也同步增长。杂交棉花的杂种优势强，科技含量高，用种少，密度较稀，种植用工量相对较少，虽然棉种价格偏高，可不少农民更希望用高投入获得高产出。特别是有经济头脑的农民，他们通过算账比较，认为杂交棉相对于常规棉，增产增收的效益更高。
但在棉种市场生产与经营过程中，仍然有些实际问题困扰着制种企业和广大植棉农民。
制种成本不断攀升制种企业利润缩水
杂交制种是靠人工操作完成的，制种周期较长，杂交授粉用工较多，工价有增无减。同时，制种租地费用逐年增加，制种生产的农资投入和管理费用节节高升，因此杂交棉种的成本也“水涨船高”，制种企业只得靠提高加工质量，调减每亩用种量来维系微薄的利润，有的制种商甚至感叹，如果把握不好可能制种越多亏损越大。若是不断提高杂交棉种的价格，又必然要增加广大植棉农民的负担，加剧制种企业与植棉农民的矛盾。
违规棉种增多市场秩序混乱
由于杂交棉种价格相对要高，有的一些小型种业套用名牌品种，装入假货赚取非法利润，坑害农民；有的用杂交一代与二代混装，冒充一代棉种忽悠农民，有的甚至用二代充当一代，谋取高额利润；有的种子经销商出于对某些名牌品种的嫉妒心理，从甲地套购棉种到乙地恶意杀价，造成市场混乱，使名牌棉种遭致贬值。
种植导向不一农民把握不定
由于植棉比较效益下降，杂交棉种价格较高，制种用工又比其它作物制种要多，有的专家提出今后调减杂交棉，多种常规棉，这是一种无奈的选择与导向。据市场反映，很多从杂交棉种中尝到甜头的植棉农户，宁可选用高价的杂交种，也不愿购价格较低的常规种。对植棉意向不定的农户，他们对棉种的购买更不知如何是好？此外，常规棉种虽有品质退化的现象，但继续沿用2~3年是不成问题的，购种数量减少之后，棉种企业就会出现萎缩、尴尬的局面。
综合各地农民和农资经销商对棉种选购的意向，对棉种市场的走向与定位，提出以下的建议：首先，要尊重各地农民对棉种的选择，对习惯用杂交棉种地区的广大农民应给予大力支持。当然，亦可配置一定数量的优良常规棉种。同时，国家要制定政策，对大型棉种骨干企业要给予定向补贴，保持企业与农民选用杂交棉种的积极性。此外，严格审定杂交棉花品种，确保用种周期。严格种子市场管理秩序也是重中之重，对于违规违法行为，要坚决打击。
