微生物肥料中的微生物菌群与土壤中原有的有益微生物共同形成优势菌群，可促进土壤生态系统中碳、氮、氧等元素的良性循环，从而修复土壤生态环境系统。施用方法要注意使用条件，严格按照说明书操作。
1、微生物肥料对土壤条件要求比较严格。一般菌肥中的生物菌在土壤18℃-25℃时生命活动最为活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，微生物肥料使用要注意土壤温度，调节好土壤湿度。
2、注意施肥时期。微生物肥施入土壤后，生物菌需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般在15天后可发挥作用。如果作追施，在作物的营养临界期前施用。施用时间适宜在清晨和傍晚或无雨阴天，这样可避免阳光中的紫外线将微生物杀死。避免在高温、干旱条件下使用。
3、微生物肥料不能长期泡在水中。在水田施用应干湿灌溉，促进生物菌活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。
4、微生物菌剂在施足有机肥基础上效果佳。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌就会大量繁殖，抑制有害菌。反之，生物菌就会因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有机肥。
5、微生物肥料可单独使用，也可与其它肥料混合使用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用，否则,会因农家肥发酵产生的高温杀死微生物而影响肥效。此外，避免与过酸、过碱的肥料混用。
6、避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及草木灰混合用。不用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。
7、微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，注意产品保质期。
