1、与甲壳素类肥料配合施用。甲壳素中的几丁质和糖类物质能够让植株生长健壮，抗性更强。生物菌中包含有固氮菌、解磷解钾菌、放线菌、芽胞杆菌、毛壳菌等。尤其是放线菌，可以产生多种抗生素，抑制致病菌的生长繁殖。而甲壳素恰恰对放线菌的增殖效果最好。研究表明，甲壳素灌根后，土壤中的自生固氮细菌、纤维分解细菌、乳酸细菌比对照增加了6~10倍，放线菌更加明显，增长了30倍，而常见的霉菌和其它丝状真菌的数量明显减少。因此，甲壳素类肥料与生物菌肥配合使用能够让两类肥料的功效大大提高。
2、与有机肥以及氨基酸类肥料配合施用。在蔬菜栽培中，有机肥的使用不仅为蔬菜提供所需要的各种养分，同时让土壤始终保持肥沃。
有机肥虽好，但如果没有生物菌的帮助，就会对蔬菜造成烧根、熏苗的危害。所以，在使用有机肥的时候往往需要配合使用生物菌肥。一般来说，作为底肥的粪肥，在使用时需要通过微生物发酵剂进行发酵腐熟，在蔬菜上使用才能保证足够的安全。可以在大棚肥料池中使用生物菌发酵豆饼，作为蔬菜生长中后期的追肥，豆饼为生物菌提供了生长繁殖的氮源，生物菌把豆饼分解发酵，追施后不仅能提高蔬菜品质和产量，还能促进根系的良好生长以及保持土壤的良好状态。
