休棚期，菜农应有针对性地做好土壤休整工作，为下茬蔬菜的高产奠定基础。其中，正确的闷棚方式可以杀灭土壤及底肥中的病原菌、虫卵及根结线虫等，但闷棚前后及闷棚过程中，菜农应结合各自土壤、闷棚产品和棚室状况等，灵活进行调整，确保闷棚产品效果得到最大限度发挥，使土壤得到有效净化。
在进行闷棚前，菜农可先进行5~7天的干闷，利用60℃以上的高温，将棚墙、立柱、地表5厘米之内的根结线虫、病菌等杀灭。此后，将下茬施用的有机肥，尤其是稻壳粪、鲜鸡粪、饼肥、秸秆等有机质含量高、用量大的有机肥，撒到棚里，然后使用大型齿轮的旋耕机旋地深翻，一般旋耕机翻地深度在20厘米左右，往往会造成地表养分富集的情况。特别是对于老棚来说，使用大型齿轮的旋耕机旋耕片大，较常规旋耕机翻地深，可以打破犁底层，增加耕作层厚度，促进根系深扎，提高蔬菜抗逆性。对于浅根系的辣椒来说，深翻25厘米即可，其他茄果类蔬菜如茄子、番茄需要深翻35-40厘米，这样可保证根系深扎并有足够的根量，利于蔬菜的缓苗和健壮生长。
底施商品有机肥时要注意用量，一般而言，在改善土壤环境、促进团粒结构等方面要优于粪肥。但会在某些方面达不到菜农的要求，比如在一大茬蔬菜上会表现后劲不足。因此商品有机肥在补充时要注意用量充足。以畜禽粪便为原料的商品有机肥，在底施时可根据作物的生长期采用不同的用量，如生长期在4个月左右的蔬菜，每亩地可用15袋左右，生长期超过6个月时每亩地用1吨以上。含甲壳素的商品有机肥，不仅能改良土壤，且有利于抑制土传病害及根结线虫等，在有机质不足、土壤问题多的棚室建议每亩用量30袋左右，若与粪肥结合使用时，粪肥的用量要减少。生物有机肥应根据产品的有机质含量和所添加的菌种类型，每亩施用15~20袋，若棚内有机质含量较低，或者蔬菜生长期较长（如种植一大茬蔬菜时），也可适当增加用量。
有机肥深翻后进行起垄，覆膜，浇水，进入高温闷棚的关键阶段。要尽量提高棚内温度，应提前关注天气预报，选择连续10天以上的晴天，确保棚内光照充足，温度更高。此外还要注意检查棚膜是否有破损，以减少热量散失，提高保温效果，确保后期棚内温度。
