莲藕皮薄肉嫩，保护层弱，容易损伤，加之果胶物质分解快，在空气中暴露时间略长，表皮容易变成淡紫色，进而转变为铁锈色，严重影响商品和食用价值。所以贮藏时除应选择充分老熟，稍附泥土，藕节完整，无伤，无病的贮藏外，贮藏中还要保持高湿和5～10℃的温度，常用的贮藏方法有四种：
(1)泥土埋藏：莲藕收获后立即埋藏于室内或露地。室内埋藏时，先用砖或板条箱、木板等封围成埋藏坑。然后，一层泥土，一层藕，共5～6层，再覆一层细泥，厚10厘米。贮藏用泥要细软带潮，手捏不成团。在水泥地坪上贮藏时，坑底先用木板或竹架垫起10厘米，形成隔底。然后，铺一层细泥土，厚10厘米，再放一层藕，一层泥一层藕。这样既有利于藕的呼吸，又可防止有害微生物的侵害。在室外露地埋藏时，应选地势高，背阳避光处，将泥和藕分层堆积成斜坡或宝塔形，用泥盖严，周围挖好排水沟，防止积水。雨天，及时遮盖，防止冲散泥土。贮藏期间，每约20天翻桩检查一次，剔除有病腐烂的，这样一般可保存30天。
(2)薄膜帐贮藏：藕挖出后，立即放入薄膜帐中封严。贮藏后，因藕的呼吸和蒸腾，使帐内二氧化碳含量和空气湿度增大，应隔1天揭开帐子透一次。这样，经过50天，自然损耗仅2.5%。超过76天后，腐烂率增加，脱水现象也较严重，不宜再继续贮藏。
(3)简易堆藏：将藕顺次码放于室内或荫棚中，形成长方形平堆，堆高约80厘米，上用水草或洁净的湿稻草盖严，经常洒水，保持湿润，以防受冻或发热及干缩。此法仅限于短时间贮藏。
(4)水藏法：藕挖出后，稍洗一下，装入蒲包；每70千克左右一包，放在1米多深，温度较低的水中，使蒲包下不贴泥土，上不露出水面，上面盖一层水草，厚6～10厘米，防止太阳直射。这样，即使结冰，也只冻一层水草，藕包不会受冻，可以随时取出出售。
