食用菌栽培周期短，尤其在出菇期使用多菌灵杀菌剂，药剂极易残留在子实体内，对人类健康不利。
注意均匀用药。多菌灵拌入营养料时，要先将药剂溶于一定量的水中，再逐渐拌入培养料中且要充分搅拌。另外，复方多菌灵能在防治农作物真菌病害时，显著提高防效效果，但因对食用菌菌丝生长有抑制作用，不能用于食用菌培养料的消毒灭菌。
注意药剂用量。用多菌灵拌料时，应严格控制药液的浓度，用药量应控制在0.05%~0.1%之间。这样的浓度足以杀死和抑制其他杂菌，如果盲目加大用药量，不仅增加成本，而且会影响菌丝生长，造成杂菌产生抗性。还会因在子实体内积累量增多而造成食用菌的污染，对人体健康不利。
注意防止杂菌产生抗药性。在食用菌生产中长期使用多菌灵，容易使杂菌产生抗药性，增加食用菌防病难度。因此，最好提倡联合使用多种杀菌剂，如石硫合剂等，定期轮换以防止单独使用多菌灵而产生的抗药性。但需注意多菌灵不宜与甲基托布津轮换。另外，在食用菌中，木耳等对多菌灵极其敏感，应避免使用。
注意药剂的抑菌现象。在使用多菌灵时，应适当提高培养料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生长。多菌灵主要对酵母素、赤霉菌等子囊菌类及半知菌类引起的食用菌病害有灭菌防病作用。
