中国批准的转基因作物安全证书有棉花、玉米、水稻，其中批准的转基因棉花品种最多，转基因抗虫水稻品种2个，转植酸酶基因玉米品种1个，有效期5年，2014 年 12 月 11 日至 2019 年 12 月 11 日。其中只有棉花批准商业化种植，玉米和水稻只批准了在规定区域内的生产应用。
2017年6月份，农业部新审批了7个品种的转基因植物的安全证书，全部为转cry1Ac/cry1Ab基因的抗虫棉，来自4个单位，其中包括：石家庄希普天苑种业有限公司的希普 369、中国农业科学院棉花研究所中棉所 99007、中棉所 99011、华中农业大学H116、华棉 1543、华棉 3097，河北省农林科学院棉花研究所冀棉 808。2017年是转基因棉生产应用以来批准的安全证书最少的一年。
这次批准安全证书的7个品种，批准在黄河流域、长江流域以及西北内陆地区进行生产应用。安全证书有效期为5年，从2017 年6月12日至2022年6月12日，5年有效期过了之后可以继续审批。
