我国生物农药产业经历了五十余年的发展，虽然取得了巨大的成就，但受各种因素的制约，与人们对农产品质量安全的要求和对环境保护的需求仍存在不小的差距，特别是推广应用环节比较薄弱，对现代农业发展的促进作用有限。业内人士指出，我国生物农药的推广应用规模与预期严重背离，具体表现在以下五大方面。
应用效果不理想
首先，速效性差。相对传统的化学农药的直接毒杀（胃毒、表皮毒性），生物农药绝大多数是参与有害生物的代谢，通过阻止病原生物代谢过程的正常进行或引发其拒食而得以实现，其效果随着时间的推移逐渐显现。这种作用机理速效性差，尤其是对高龄害虫效果不理想，在遭遇爆发性和毁灭性病虫害时更是显得无能为力。
其次，靶标小。在生物农药表现出专属性强的同时，也反映出其靶标小、杀虫杀菌谱窄的不足。目前在世界上应用最广、生产和使用量最大的生物农药Bt，对多角体病毒、白僵菌等均表现出较高的专一性。
应用技术相对复杂
一方面由于生物农药的作用机理与常规化学有很大的差异，在使用时机的选择上提出了更高的要求，时机把握是否得当，对效果会产生极大的影响；另一方面生物农药自身的活性受气温、湿度、光照、稀释用水、pH值等环境因素影响较大，对应用技术也提出了相对较高的要求。部分生物农药需要专用的施用机具，但相较于我国目前以老年人和妇女为主要耕作和使用人群的现实来讲，无疑显得技术复杂而难以被接受，客观上形成了生物农药大范围推广应用的屏障。
规模负效应
生物农药，尤其是植物源生物农药，由于其主要生产原料来源于自然界野生植物，通常伴随着生产规模的扩大而导致主要生产原料的稀缺和短少，从而形成规模负效应：规模扩大→主要原料紧缺→原料价格上涨→生产成本上升→价格上涨，这与一般工业品生产的规模效应完全相反，其结果是价格的上涨直接抬升了种植业成本，当市场不能进行有效的成本传递时，用户只能是被动选择减少或放弃使用生物农药。
商品性差
生物农药的商品性不足主要表现在以下三个方面：
第一，性价比。相比较化学农药的化工合成，生物农药大多是通过微生物发酵提取、活体微生物的培育、药用植物提取等手段生产制备，其生产的繁复和远较化学农药长的生产周期使得其成本居高不下，后期成品的存储也较化学农药严苛，导致生物农药大多价格偏高。
第二，稳定性。生物农药的稳定性较差主要表现在两个方面：一是存储、运输环节因外界条件而产生的降解和活体微生物数量下降；二是在使用环节因温度、湿度和光照所导致的有效成分光解、水解、微生物失活或活性降低。
第三，剂型单一。上世纪末，乳油剂占我国农药生产总量的50%，仅每年消耗的有机溶剂甲苯和二甲苯就高达40万吨。自本世纪初开始，化学农药迅速向水基化方向发展，不仅节约了大量苯基产品资源，降低了生产成本，而且减少了对生态环境和用户的影响。相对化学农药的新剂型化，生物农药仍然以传统的乳油剂、可湿性粉剂和水剂为主，大大降低了生物农药在安全和环境友好方面的比较优势。
营销推广力度不足
生物农药具有较专业的技术要求，消费者无法通过已有的经验或产品包装上的说明来获取，多数情况下必须依靠生产企业或当地农技推广专业人员的培训来实现。当没有专业团队指导时，消费者使用生物农药后的效果无法得到保障，与生产厂商的宣传、承诺或预期有较大的差距，极端情况下甚至引发药害，给农户造成巨大损失。
